农学院按照理事会方式组建，理事会主要负责审议发展规划及协调各类资源配置等。新疆大学为理事长单位，中国农科院、昌吉州为副理事长单位，今后根据发展需要，再扩容的其他参建单位为理事单位。新疆大学理事长由新疆大学分管校领导担任，中国农科院副理事长由西部中心副主任担任，昌吉州副理事长由昌吉农高区党工委书记担任。新疆大学理事长为总召集人，负责农学院发展定位。
